Los Premios Emprendemos Top 50 de Andalucía Emprende reconocen cada año a las empresas andaluzas más innovadoras y con mayor impacto social, económico o medioambiental. Pueden presentar su candidatura autónomos y empresas de hasta 5 años, con sede en Andalucía, que hayan sido usuarios de algunos de los servicios de Andalucía Emprende o de cualquier otra vía de apoyo al emprendimiento de la Junta de Andalucía, de cualquier sector económico, con carácter innovador, impacto social y económico y con alto potencial de crecimiento. Tienen mayor valoración aquellas empresas que contribuyan al logro de los Objetivos de Desarrollo Sostenible (ODS), las que usen las nuevas tecnologías en sus procesos, y aquellas que apuesten por la internacionalización. El proceso selecciona primero 120 candidaturas, luego 64 y finalmente el Top 50 regional, del que se elige a la empresa ganadora, que recibe un premio de 5.000 euros, aportado por MicroBank. El plazo de inscripción suele ser en el primer trimestre de cada año.
Las 50 galardonadas cada año con el Top50 tienen acceso preferente a la participación en eventos de referencia con corporaciones y startups en los que colabore Andalucía Emprende, tanto a nivel local como nacional e internacional. También podrán optar, con carácter prioritario, al servicio de alojamiento empresarial gratuito que ofrece este instrumento público en sus más de 800 naves y oficinas, así como a otros servicios de apoyo, visibilidad y oportunidades de networking e inversión.